Про сотрудничество Хана и Маркуса у меня единственно вот какая версия.
С чего бы Маркусу выдавать Хану правдивую информацию?
Он его собирался использовать в своих интересах. Что Маркусу мешало сочинить историю про то, что Хан единственный выживший, а Ботани Бей, допустим, атаковали клингоны, все погибли, а Хана на руках лично Маркус вынес из огня? Утрирую, естественно, но мысль, думаю, понятна.
Далее, отчего бы дезориентированному Хану не сделать на первых порах вид, что он верит Маркусу и радостно начать работать против клингонов, и создавать вооружения, тем более, что а) это занятие, исходя из его натуры, всяко его развлекало, б) надо было "догнать" технологии современного мира, что Хан успешно и сделал за год? А вторым планом Хан мог копать под Маркуса и искать инфу про Ботани Бей.
А запихивание 72-х в ракеты, видимо, было первой попыткой Хана сбежать с экипажем и заняться собственными делами.
Маркус его предупредил, и ракеты остались у него, а Хан пришлось бежать одному, и обдумывать гади против маркуса.
Ну, далее начинается кино