Так, подожди, что-то мы сейчас с Джеком намутим теорий. О том, что Джек жив знали оба - и Роуз, и Доктор. Роуз в спешле говорит про вернуться за Джеком, на что 10-й отвечает, что у Джека есть сейчас более важные дела по восстановлению Земли (видимо, после атаки Далеков). Вероятно, у Роуз какие-то частичные воспоминания остались или она все забыла и просто не знает, что Джека к тому моменту убили и воскресила, а просто предлагает вернуться, потому что Джек остался там.
Мне не кажется, что Доктор его боится. Т.е. он опять принял решение за другого человека и оставил Джека помогать Земле двухтысячного века, а потом, когда регенерация пошла неправильно, у него было задача побыстрее доставить Роуз домой.
Да, Микки, как и Джекки привыкают к суровым правилам выживания в условиях постоянного общения с Доктором

В комнате, где спал Доктор была еще прорезь в стене в виде елки - тоже хорошо