Назгулы все равно ведь какaя-то субстанция, хоть и не человеческая плоть. Фродо эту субстанцию видел, когда кольцо надевал. Вот субстанцию Мерри и развоплотил. А колено можно было по одежде определить. А выше Мерри просто не достал.
Что касается мотивов усыновления Фродо: а мне кажется, что Бильбо его просто пожалел. К тому же чувствовал в нем родственную душу, вот и забрал к себе.