Лично я склоняюсь к мысли, что либо Нео перестал быть человеком, а стал кем-то вроде дистанционного пульта и, одновременно, прибором, который контролирует машины в одном флаконе (головой контролирует, руками дистанционно управляет), либо, что кажется более логичным - это еще одна Матрица. матрешка.
А Сион необходим, иначе зачем его шестой раз собираются возрождать? Видимо, Матрица нуждается не только в перезагрузке, но и в "подпитке". Свежая кровь, так сказать.
Я прошу прощения за бредовые высказывания, я нормальная, только с температурой 38. Вот и лезут в голову бредовости всякие...
По поводу познаний Смита - не помню. Возможно, сама программа Смита появилась только в четвертом или пятом (как считать) поколении Матрицы.
Цельный ли организм Матрица... Кажется, существование бешеного количества людей в колбах, которые и обеспечивают Матрицу энергией, уже говорит о том, что, как минимум, два симбионта у этого организма есть (Виртуальный и человеческий).