У меня идея насчет Меровингена (извините, что влезаю в обсуждение).
Возможно, это такой падший Нео из прошлой версии Матрицы ( а) Архитектор в конце второго фильма говорил, что как Матриц, так и "спасителей" было уже пять штук; б) Персефона во втором фильме говорит о Меровингене, что "когда-то он был таким же, как ты", имея в виду - таким же, как Нео).
Собственно, вот. Меровинген, обладая теми же (сверх)возможностями, что и Нео, сделал
неправильный выбор и помог машинам, сдав Сион. За что его подключили к Матрице, не лишив памяти, и дали ему полномочия этой новой версией Матрицы порулить (опять-таки сыграли роль (сверх)способности).
Вот