Контраргумент с людьми, мне кажется, всё-таки ничего не опровергает. Как мне кажется, существование Атлантиды хотя и не подтверждено, но не просто не опровергнуто, а не отрицается, вокруг Атлантиды до сих пор ведутся споры - от научных обоснований возможности существования в Атлантическом океане затонувшего обширного острова/архипелага до утверждения, что всё, что касается Атлантиды, включая ссылки на Солона и египетских жрецов, просто выдумка Платона. Между тем, если Атлантида существовала, вопросы Эльдариона могли быть отнесены и к ней: были люди, цивилизация, исторические события, масштаб которых колоссален, вплоть до катастрофического исчезновения обширных земель - и где же всё это? Почему не находится?
(Кстати, вот если найдут наконец - можно будет тогда посравнивать с тем, что известно о Нуменоре

То ли аргументы появятся, то ли придётся признать, что если описанная Арда и существует, то частью исторического прошлого нашего мира не является).
А ещё периодически обнаруживаются какие-то следы цивилизаций в тех слоях, где о них не подозревали

Может, это как раз следы Гондора с Арнором, просто по какой-нибудь стёртой временем монете весьма трудно определить, какой именно цивилизации она принадлежала.
С другой стороны, я полагаю, что если это всё-таки часть истории, она отделена от нашего времени катаклизмами, которые много чего изменили. В связи с этим попытки установить географическое местоположение того же Гондора в современном мире мне представляются довольно бессмысленным занятием.
Так что главные мои надежды в плане появления доказательств - на Атлантиду, при всей спорности... А пока никаких доказательств - не имеется, и всё тут. Так что вопрос остаётся совершенно ненаучным. Но между "это ненаучно" и "этого нет и быть не может" две большие разницы, или четыре маленьких.